本季继续讲述超人在大都会打击犯罪、保护地球的故事，同时扩展了DC宇宙，加入了蝙蝠侠、海王、未来正义联盟成员等角色，并深入塑造了达克赛德作为终极反派的威胁本季介绍了多个强大敌人，包括控制火焰的妖姬、制造人偶的玩具人、以及第五维度的密克西施匹特里克。蝙蝠侠失踪后，超人伪装成蝙蝠侠，与罗宾联手调查，最终发现布莱尼亚克在幕后操纵；正义联盟成员穿越时空，阻止布莱尼亚克在克拉克还是少年时就试图消灭他；达克赛德发动全面战争，导致大都会陷入战火，超人奋力抵抗，最终失去好友丹·特克，陷入悲痛；最终战役中，超人被达克赛德洗脑，误以为自己是阿普考利斯的战士，导致他短暂成为地球的敌人。尽管他最终恢复清醒，但人类开始对他产生恐惧和不信任，影响深远。这一季不仅让超人面对更大的挑战，也为《正义联盟》动画系列埋下伏笔，特别是超人与达克赛德的宿敌关系成为未来剧情的重要核心。