故事的主角里见孝太郎，在高中入学前因为父亲调职而开始一个人生活孝太郎租下了房租每月五千日币，免押金、礼金，价格特别便宜的屋龄25年公寓，可乐娜庄的106号房，决定住进这间只有三坪（六榻榻米）大的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼，从来没人能久租的房间。 开学典礼当晚，谣传中的幽灵――东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房，在双亲回来之前必须一直等在这里，而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上没有结果而暂时休战，没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再过一天又出现号称古代文明末裔的地底人少女――仓野奇莉华，接着是外星人――神圣佛德赛银河皇国第七王女提亚蜜思林·葛雷·佛德赛，每个人都各怀鬼胎，想将106号房占为己有，让房间陷入一片混乱……